Après la dissolution du chapitre de Chanoinesses à la Révolution, les bâtiments de l’ancien prieuré devenus biens nationaux ont été rachetés, sous l'impulsion du Cardinal Fesch, par le Diocèse de Lyon pour établir un petit séminaire. Ils ont été démolis en même temps que la vieille église paroissiale au milieu du XIXe siècle pour laisser place à l’imposant bâtiment actuel.  Il n'en subsiste que quelques vestiges.

Lorsque le Séminaire a quitté Alix à son tour au début du XXe, les bâtiments sont revenus au département par la loi de séparation des Églises et de l'État. Vendus aux HCL en 1950, puis à l’Hopital Nord-Ouest de Villefranche en 2012, ils ont accueilli successivement un hospice, un établissement de convalescence, un hôpital gériatrique et dernièrement un Ehpad et un service de SSR.

Ils sont désaffectés depuis juin 2023 et un projet de reconversion est en cours.