On ne connaît pas avec certitude l’origine du prieuré d’Alix. Un « mémoire sur l’ancienneté du chapitre d’Alix » rédigé par les chanoinesses au XVIIIe siècle, le dit exister avant le Xe siècle. On le trouve mentionné dans divers textes du XIe siècle.

Installé en bordure d’un ruisseau, dans le calme des bois propice au recueillement, le prieuré n’est toutefois pas isolé. Il se trouve sur un axe important à l’époque, qui relie la vallée de la Saône à celle de l’Azergues.

 

Les conciles d’Aix la Chapelle et Chalon plaçant les monastères de moniales sous la juridiction des monastères de moines du même ordre, situés dans le voisinage, celui d’Alix se trouve dépendant de l’Abbaye de Savigny.

Bien que sous l’autorité d’un prieur de l’Abbaye, les Bénédictines sont administrées par une prieure. Cette double autorité ne se passe pas sans heurts, et les documents conservés aux Archives Départementales témoignent de nombreux conflits entre Alix et Savigny.

 

La protection du prieuré est assurée très tôt par les seigneurs de Beaujeu. Ce sont eux vraisemblablement qui installent une place forte à proximité, où s’implanteront les seigneurs de Marzé. Leur castrum en bois primitif sera remplacé par un château féodal dont une partie est toujours visible à l’entrée nord d’Alix.

Ces deux entités, religieuse et seigneuriale, sont propriétaires de terres, de forêts et d’animaux, et attirent près d’elles des cultivateurs et éleveurs. Les habitations se groupent autour d’un moulin à eau et quelques fermes éparses apparaissent sur les coteaux. C'est probablement l'origine du village d'Alix, que l'on retrouve sous l'appellation "Ally" ou "Aly" dans les textes les plus anciens..

La protection des seigneurs de Marzé n’évitera pas le saccage du monastère lors des guerres de religions.

La population du prieuré fluctue au cours des décennies, au gré de ces différentes incursions, et les Bénédictines ne sont plus que 6 à fin du XVIIe.

C'est alors que l'arrivée d'une nouvelle prieure en 1723 va profondément modifier l'institution, et faire évoluer progressivement le couvent de Bénédictines en chapitre de Chanoinesses.